（四）差额部分的补偿费用，以2011年为基准，按搬迁启动时间从2012年起逐年递减10%，以激励企业早搬、快搬。
（五）在企业差额部分的补偿费用中预留5%，待项目通过竣工验收后再拨付给企业。
（六）为保证“退二进三”企业搬迁工作顺利推进，在市土地储备中心设立“退二进三”专户，并进行专户管理。“退二进三”企业的原址土地出让收入缴库后，市财政部门在5个工作日内将土地收储成本（含差额部分的补偿费用）拨付市土地储备中心。
四、审计与监督
（一）市级审计部门负责对“退二进三”企业原址土地收储成本的审计认定。
（二）市“退二进三”工作办公室负责对企业搬迁改造方案的实施情况和进度进行监督检查。对差额部分的补偿资金使用情况，可按相关程序聘请专业中介机构进行适时审计，相关费用纳入财政部门预算据实核拨。
（三）企业完成“退二进三”搬迁后，由市“退二进三”工作办公室组织验收。验收合格的，由市土地储备中心拨付补偿预留费用5%的部分。
（四）市政府对4个主城区“退二进三”搬迁企业计划和其他县（市）区、开发区及工业园区承接“退二进三”企业数列入年度工作目标考核。
五、相关部门的职责分工
（一）市及市有关部门职责
1.市“退二进三”工作办公室作为牵头部门，负责研究制定企业“退二进三”相关政策和推进计划，确定每批启动搬迁改造企业名单，组织对企业搬迁改造方案的审核，对搬迁改造补偿金额提出建议报市政府批准，督促企业按计划进行搬迁改造，统筹协调企业“退二进三”过程中遇到的困难和问题，负责搬迁企业历史资料的采集、整理和保存，配合市规划部门优化调整主城55个片区控制性详规。年度“退二进三”实施计划，由市“退二进三”工作办公室根据市环保、市安监等部门以及主城四区政府提出的建议制定。
2.市土地储备中心负责“退二进三”企业搬迁改造的融资和土地收储；配合区政府组织、报批土地、规划等组件，负责支付相关土地收储资金和搬迁补偿资金；负责委托土地交易机构组织公开交易；土地出让后，负责向土地购得人移交土地。
3．昆明轨道交通有限公司、昆明产业开发投资有限责任公司、昆明市土地开发投资经营有限责任公司等投融资企业经市土地储备中心委托进行土地一级开发，为“退二进三”企业新厂建设和搬迁改造融通资金。
