基金办应当对基金资助项目年度进展报告和基金资助项目年度管理报告进行审查。
第二十八条 基金资助项目实施中，不得擅自变更项目负责人和依托单位。项目负责人和依托单位不得擅自变更项目任务书的内容。实施中出现影响项目进展问题的，项目负责人和依托单位应当及时采取处理措施并向基金办报告；项目任务书的内容确需变更或者项目确需中止、终止的，项目负责人或者依托单位应当及时提交书面申请。基金办应当及时核查，作出处理决定。
基金办在监督检查中发现项目负责人、依托单位未按照项目任务书的规定开展工作，资助项目确需中止或者终止的，可以根据实施情况作出资助项目中止或者终止决定。
第二十九条 项目负责人应当自基金资助项目资助期满之日起60日内，通过依托单位向基金办提交项目验收材料。
基金办应当组织专家对基金资助项目进行验收评审，形成验收意见书，并将验收意见书送达依托单位和项目负责人；对未通过验收的，应当提出处理意见。
第三十条 基金办、依托单位应当依据国家科学技术档案管理规定，建立基金资助项目的档案。
第三十一条 基金资助项目验收意见书认定项目研究成果具有重大科学价值、重大创新突破或者重大应用前景，有必要继续资助深入研究的，应当优先予以资助或者由基金办推荐其申请其他科学技术计划项目。
第三十二条 原始记录能够证明承担探索性强、风险高的基金资助项目的项目负责人已经履行了勤勉尽责义务，仍不能完成该项目的，基金办可以作出资助项目终止决定。
项目负责人有前款规定的情形不影响其继续申请基金资助项目。
第三十三条 发表基金资助项目取得的研究成果，应当注明得到自然科学基金资助。
第三十四条 基金办应当促进基金资助项目研究成果的知识产权保护。
自然科学基金利用财政性资金资助的项目所形成的知识产权，除涉及国家安全、国家利益和重大社会公共利益的外，依法由依托单位和项目负责人、参与人等取得。基金办应当引导依托单位和项目负责人、参与人等在项目任务书中约定知识产权的享有与使用。
