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主要保护方向与措施：围绕生物多样性保护核心，突出自然保护区建设和水土保持与水源涵养的重点，提高水源涵养与生物多样性保护的功能。加强自然保护区建设和资金投入，以及管理与技术人员的培训，完善管理设施的体系，禁止对生物多样性有影响的经济开发；保护自然生态系统与重要物种栖息地，维护生态系统完整性；加强对天然林、水源林和防护林的保护管理；落实公益林、退耕还林政策及补偿机制；发展生态旅游业、绿色农林产品基地。
（二）水源涵养功能区
1.凤亭河水库水源涵养功能区
该区总面积236.3km2，占全市总面积的3.8％。主要分布在凤亭河水库库区及周边集雨区。凤亭河水库的地层主要为白垩系紫红色砾岩、砂岩，侏罗系紫红色砂岩、泥岩；库区周边地貌主要为丘陵，海拔250～350m；土壤为紫色土、赤红壤；植被主要有马尾松林，桃金娘岗松灌丛，荔枝、龙眼、杧果、柑、橙、柚等经济林。该库区分布有国家Ⅱ级保护鸟类--海南虎斑鳽（Gorsachius magnificus）。
本区主导生态服务功能为水源涵养。
主要生态环境问题：以马尾松为主的针叶林和肉桂为主的经济林面积较大，而天然阔叶林面积较小，森林涵养水源的功能有所下降；小部分库区河汊淤泥堆积，库容量减小；人类活动频繁，捕捉猎杀候鸟的现象时有发生，水鸟数量减少；水产养殖对水体造成一定的污染。
主要保护方向与措施：在库区周围对有培育前途的植被进行封山育林，恢复为水源林生态系统，提高生物多样性指数和水源涵养能力；实施公益林和退耕还林的建设，加强水土流失的治理，以减少淤泥对库区的影响；适度发展网箱养鱼、生态旅游，防止水体污染；加强宣传教育，加大执法力度，制止当地捕捉猎杀候鸟。
2.黄淡水库水源涵养功能区
该区总面积65.7km2，占全市总面积的1.1％。主要分布在黄淡水库库区及周边集雨区。黄淡水库位于东兴市境内江平江支流竹排江上，在水资源利用分区中属桂南沿海诸河区，是一座集防洪、灌溉、水力发电、城镇供水等功能于一体的中型水库。库区的土壤主要是砖红壤，海拔150～300m；植被主要是马尾松和肉桂人工林。
本区主导生态服务功能为水源涵养。
主要生态环境问题：人类活动干扰强度大；人工纯林面积比重较大，林种结构单一，涵养水源、保持水土等生态服务功能下降；部分库区坡耕地面积大，水土流失严重。
主要保护方向与措施：重点保护和恢复天然植被，提高水源涵养功能。加强管理，减少人为活动的干扰；通过封育和改造恢复植被，促使其逐步向常绿阔叶林演化，提高水源涵养和水土保持的功能；严格限制发展导致水体污染的产业，适当发展生态旅游。
（三）土壤保持功能区
1.上思北部土壤保持功能区
该区总面积104.7km2，占全市总面积的1.7％。范围包括上思县北部。地层主要有石炭系灰岩、石灰岩夹白云岩，泥盆系灰岩、白云岩，二叠系灰岩。地貌主要为低山、丘陵，海拔200～400m，土壤主要为石灰岩土，小部分为红壤。低山的原生植被类型为南亚热带常绿落叶阔叶混交林，但已遭到严重破坏，现存植被主要为稀疏的藤灌丛和灌草丛。农用地植被主要为水稻、玉米和甘蔗。
本区主导生态服务功能为土壤保持。
主要生态环境问题：植被覆盖率低，植物群落结构简单，乔木层较少，水源涵养和保土能力差，水土流失严重；人工纯林和坡耕地面积大，土地瘠薄，对土壤结构干扰大，生产力低；雨季和干旱季节分明，雨季局部区域滑坡、崩塌等灾害多发。
主要保护方向与措施：加强天然植被的保护和恢复，提高水土保持功能。通过封山育林和退耕还林相结合的措施，恢复重建石山森林生态系统，以减少水土流失及自然灾害，提高水源涵养和保持水土等生态服务功能；推广“养殖-沼气-种植”生态农业，积极利用沼气、太阳能、风能，以解决生活农村生活能源问题；发展牧草种植和集中圈养，减少人类和牲畜对植被的破坏。
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