各地级以上市财政部门应对所属适用退税政策的增值税一般纳税人的适用条件严格把关，负责审核退税申报资料的真实性、完整性、合规性，在出具的初审意见中列明同意或不同意退税的依据，审核后调增或调减退税金额的依据及计算方法，同时在《一般增值税退付申请书》上盖章。省财政厅对初审财政机关提交的初审意见及退税申请资料进一步审核把关，在《一般增值税退付申请书》加注意见并盖章。
（二）做好实地审核工作。
负责初审的财政机关对于纳税人第一次申请退税的，应当在上报初审意见前派人到现场审核是否符合退税条件；有特殊原因不能做到的，应在提交初审意见后2个月内派人到现场审核，发现有不符合条件的，及时通知负责复审或者终审的财政机关。
（三）做好审核批复工作。
专员办在收到复审意见之日起10个工作日内，完成终审工作，经审核确认可以受理的申报材料，专员办应及时登记并录入到“一般增值税退税审批管理系统”之中。对符合退税条件的企业出具退税批复。对资料不合格或有疑问的申报材料可退回复审或由初审财政机关重审或到企业实地核查。如发现有骗取退税款的行为，将根据《
财政违法行为处罚处分条例》的相关规定进行处罚，并取消其以后申请享受退税政策的资格。
（四）及时办理退库工作。
负责初审的地级以上市财政局在收到专员办的退税批复文件后应在规定时限内及时开具《收入退还书》，直接到相关国库办理退库工作（广州市辖区企业退库根据《关于调整一般增值税退库程序的通知》（财驻粤监〔2008〕35号）规定仍由国家金库广州市中心支库统一办理退库），同时将《一般增值税退付申请书》第一联退申报人，并在申报人完税凭证的原件上加盖“已审核退税”专用章。
（五）定期核实纳税人的基本情况。
负责初审、复审的财政机关应当定期（自收到纳税人第一次退税申请之日起至少每12个月一次）向同级公安、商务、环保和税务部门及人民银行对纳税人申明的内容进行核实，对经查实的与申明不符的问题要向专员办报告，专员办将根据财政部有关规定作出严肃处理。
（六）专员办、负责初审和复审的财政部门应当严格遵守各项廉政制度与工作纪律，自觉接受有关部门对退税工作的监督，不断改进和完善增值税退税审批工作。
