根据上述职责，市食品药品监督管理局设9个内设机构。
（一）办公室（政策法规科）。
负责处理局机关党务、政务和日常事务工作；负责文电、会务、机要、档案等工作；承担信息、安全、保密、信访、新闻发布、宣传、督查督办、综合治理、政务公开、信息化建设、突发事件应急处置、绩效考评、制度建设、统计管理、精神文明建设等工作；负责有关规范性文件的审核、协调和发布工作；负责行政执法监督工作；负责有关行政复议、行政应诉和听证等工作；负责普法和组织执法大检查工作。
（二）餐饮服务食品安全监管科。
负责餐饮服务食品安全监督管理工作；负责餐饮服务日常监督管理工作；监督实施餐饮服务食品安全管理规范；组织实施餐饮服务单位卫生量化分级管理制度；负责餐饮服务食品安全状况调查和监测工作，发布与餐饮服务食品安全有关信息；负责组织重大活动餐饮服务食品安全保障工作；组织实施餐饮服务食品安全事故应急处理工作。
（三）保健食品化妆品监管科。
负责保健食品、化妆品监督管理工作；承担保健食品、化妆品日常监督管理工作；监督实施保健食品、化妆品生产经营管理规范；监督实施国家保健食品、化妆品标准和技术规范；负责保健食品、化妆品的检测和不良反应事件的风险评估工作；监测保健食品广告、发布与保健食品和化妆品安全监管有关信息；承担保健食品、化妆品相关的安全事故应急处理工作。
（四）医疗器械综合监管科。
监督实施药品生产、中药材生产、医疗机构制剂配制等质量管理规范；监督实施国家药品标准、中药饮片炮制规范和中药品种保护制度；承担特殊药品的监督管理工作；协助核发精神药品零售经营企业许可证；配合有关部门实施国家基本药物制度；组织开展药品不良反应监测和药物滥用监测工作；承担药品相关安全事故的应急处理工作；监督实施医疗器械国家标准；承担医疗器械监督管理工作；组织实施医疗器械生产、经营质量管理规范；组织开展医疗器械不良事件监测工作；协助核发医疗器械经营企业许可证；依法核发第一类医疗器械产品注册证；监测医疗器械广告；承担医疗器械相关安全事故的应急处理工作。
（五）药品流通监管科。
监督实施
药品经营质量管理规范；监督实施药品分类管理制度；监督管理中药材专业市场；承担药品监管工作；承担药品违法广告监测工作；承担互联网药品信息服务和交易行为监督工作；会同有关部门负责药品招标代理机构资格认定及招标行为的监督；负责医疗机构药品使用质量监管和指导药房规范化管理；负责农村药品监督网、供应网建设管理工作；负责药品、医疗器械从业人员的健康体检和培训工作；负责药品监督协管员、药品监督信息员的培训工作；监督实施《
药品进口管理办法》，依法办理药品进口通关备案；负责协调药品进口备案工作。
