（四）负责水资源保护。指导饮用水水源保护，监督地下水开发利用和保护，组织拟订水功能区划，核定水域纳污能力。
（五）负责水利工程的监督管理。指导具有控制性和跨县（市、区）以及涉及全市供水、防洪安全的水利工程建设与运行管理；指导滩涂围垦、水库、水电站和海塘堤防的安全管理；指导水利工程质量、水利行业安全生产以及水利建设市场的监督管理。
（六）负责河道和水域保护。组织指导椒（灵）江干（支）流和温黄平原骨干水域及其岸线的管理与保护，监督管理河道采砂，指导河道清淤、清障、保洁、整治和水系治理工作。
（七）负责水旱灾害防治。组织、协调、监督、指导全市防汛防台抗旱工作，拟定市级防汛防台抗旱应急预案；指导水利突发公共事件的应急管理工作；承担市政府防汛防台抗旱指挥部的日常工作。
（八）指导农村水利建设。组织协调农田水利基本建设，指导水利行业供水、乡镇供水、农村饮水、节水灌溉等工程建设和管理，指导水能资源开发利用、水电农村电气化和小水电代燃料工作。
（九）负责水行政执法。依法负责涉水涉河涉堤等许可项目的审批、核准、审核并监督实施，组织指导水政监察，协调、指导水事纠纷。
（十）负责水土保持工作。依法负责生产建设项目水土保持监督管理，指导水土流失的综合防治、监测预报并定期公告。
（十一）负责水文工作。对江河湖库和地下水的水量、水质实施监测，发布水文水资源信息、情报预报和水资源公报，指导水文站网建设和管理。
（十二）指导水利科技、教育、外事和信息化工作，提出有关水利价格、收费、信贷的建议。
（十三）承办市政府交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，市水利局设6个职能处室。
（一）办公室
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、保密、信访、政务公开、宣传、督查、后勤、保卫等工作；组织编制部门预算，承办机关财务，指导、监督直属单位国有资产管理和会计核算工作；负责机关及直属单位的机构编制、人事管理、劳动工资、教育培训等工作；负责水利科技、对外合作与交流，指导全市水利队伍建设。
（二）规划计划处
拟订水利发展中长期规划，组织编制水利发展年度投资计划；组织编制并监督实施椒（灵）江流域、温黄平原、全市水资源综合规划以及其它跨县（市、区）重要流域（区域）的水利综合规划、水资源规划、防洪规划和有关专业规划；组织审核审查市内重点水利项目的项目建议书和可行性研究报告；负责市级水利投资计划安排和监督管理工作；承担水利综合统计工作。
